Informace Fórum Stav sítě ČVUT IDS Hledání Přihlášení Mapa stránek

Cerius

Softwarový balík Cerius2 ve verzi 4.0 je určen k počítačové simulaci molekul a dalších chemických objektů a výpočtům jejich chemických, fyzikálně-chemických a fyzikálních vlastností. Modul Visualizer zajišťuje konstrukci molekul a jejich interaktivní 3D zobrazování a další nainstalované moduly umožňují přiřazení silového pole a výpočty na úrovni molekulové mechaniky, včetně molekulové dynamiky.

Cerius je možné spustit na pracovní stanici jilm.civ.cvut.cz, spouští se pomocí /usr/local/Biosym/cerius2_4.0/bin/cerius2, musíte být ve svém domovském adresáři, případně v jiném, ale vámi zapisovatelném. Pokud se po spuštění objeví informace o problému s licencí, zkuste spustit licenčního démona:

$ /etc/init.d/msi_lmboot start

Každý z modulů aplikace Cerius2 má specifické zaměření:

Zde se můžete podívat na výsledky práce s Ceriem od naší uživatelky, Doc. RNDr. Pavly Čapkové, CSc. (Katedra Chemické fyziky a optiky MFF UK).

Upozornění

Přestože je možné se na jilm hlásit pouze pomocí ssh, který si nastavuje sám proměnnou DISPLAY, je nutné ji v tomto případě nastavit explicitně. Standardně programem ssh nastavená proměnná DISPLAY je totiž ve skriptu ceria přepsána a export grafiky by nefungoval. Více viz vzdálené spoustění.
Cerius